一、 徽商屯盐说：自古以来，徽商的足迹遍及天下，其中尤以明、清朝代的盐商最为有名。而古徽州的对外运输渠道即为新安江，这些石窟是否由于屯放大量的货物需要而开凿。     二、 皇陵说：有人认为，花山谜窟是规模宏大、气势磅礴，如此浩大的工程凭个人和民间组织是难以完成的，定由皇家所为，并且自古以来，古徽州就是一块风水宝地，古言“生在苏州、玩在扬州、葬在徽州”，这里民风纯朴，水文地理优越，极适合于建筑皇陵，因此有人猜想花山谜窟是一座因战乱换朝等历史原因而未能完成的皇陵。     三、 史前文明说：人们把北纬30度线称作“神秘线”，在这条神秘线上分布着许多神秘莫测、巧夺天工的世界奇观。而花山谜窟也位于此位置，于是有人提出一个激动人心的猜想：花山谜窟定由外星人所为。     四、 功能转化说：这些石窟并非是某一个朝代某一个时期一次性完成的，而是在漫长的历史中不断开凿而成的。最初可能是为采石，但后来人们又将它作为避难、屯兵、储粮等用途。这种假说可以解释同一石窟中石纹凿痕不同、花纹图案不同的现象。     五、 采石说：众所周知，古徽州是一个文化、经济十分发达的地区，勤劳、智慧的先人不但给我们留下了灿烂的徽文化，还给我们留下许多气势磅礴、做工精巧的古民居、古桥、古道。花山谜窟恰处于新安江边，大量石料是否通过新安江而运输到徽州各地作为建材？     六、 山丘说：上海复旦大学一位教授前来考察石窟时，花了大量时间在石窟区域四处考察，最后大胆提出：石窟群中的几十万立方石料运出洞口就地堆积，日积月累形成新的山丘。因为这一论点成立，石料去向之谜便可揭开。     七、 道家福地说：离石窟不远的地方有一个齐云山，它是中国四大道教名山之一，而道家是有喜欢群洞以作福地修身养道的传说。从齐云山到石窟群有新安江水路直达，这种猜想可以解释石窟中有众多石房之谜。     八、 贺齐屯兵说：据《新安志》载，东汉时期，公元208年，孙权为削平黟、歙等地，派威武中郎贺齐屯兵于溪水之上。这些石窟可能就是贺齐部队屯兵藏身之处，目前在石窟中发现的一些遗留物似乎能佐证这一点。